สำหรับหน่วยประสานงานประจำพื้นที่ ๔ และ พื้นที่ ๕ ศอร.ฯ ขอรับการสนับสนุนกำลังพลจาก ทร.ให้ไปปฏิบัติงาน ที่หน่วยประสานงานประจำพื้นที่ ๔ และพื้นที่ ๕ ซึ่งอยู่ในพื้นที่รับผิดชอบ ของ กปช.จต. ซึ่ง ทร.ได้พิจารณาให้ นย.จัดกำลัง พลไปปฏิบัติงานที่หน่วยประสานงานดังกล่าวจานวน ๘ นาย (นปพท.๔ ฯ : น.๒ , ป.๒ และ นปพท.๕ฯ : น.๒ , ป.๒) ต่อมา ผบ.ทหารสูงสุด/ผบ.ศอร.บก.ทหารสูงสุด อนุมัติการปรับปรุงโครงสร้าง ศอร.ฯ เมื่อ ๒๒ มี.ค.๔๖ โดยให้ยุบ รวมศอร. ๑๐๑ – ๑๐๔ เป็นหน่วยเดียวกันและใช้ชื่อว่า ศูนย์ประสานงานชายแดนไทยกับประเทศเพื่อนบ้าน (ศปพ.ศอร.ฯ)และ โอนการปฏิบัติงานของหน่วยประสานงานชายแดนให้กับเหล่าทัพดำเนินการ ตามหนังสือ ศปก.ทร.ลับ ด่วนมาก ที่ กห ๐๕๓๖/๔๗๒ ลง ๒๙ ส.ค.๔๖ ทร.ได้รับมอบงาน หน่วยประสานงานประจำพื้นที่ ชายแดนด้านกัมพูชา จาก ศอร.บก.ทหารสูงสุด ซึ่งเป็นพื้นที่ รับผิดชอบของ กปช.จต. ได้แก่ หน่วยประสานประจำพื้นที่ ๔(นปพท.๔) และหน่วยประสานงานประจำพื้นที่ ๕ (นปพท.๕) กปช.จต.เห็นว่า งานการประสานงานชายแดนไทยด้านกัมพูชา ที่ กปช.จต. ต้องรับผิดชอบใน จว.จันทบุรี และ จว.ตราด เป็นงานที่สำคัญและเกี่ยวข้องกับความมั่นคงชายแดน ดังนั้นเมื่อได้รับมอบโอนงานดังกล่าวจาก ศอร.ฯ มาแล้ว เพื่อให้การปฏิบัติงานตามที่ได้รับมอบเป็นไปด้วยความเรียบร้อย และมีประสิทธิภาพจึงจำเป็นต้องจัดตั้งหน่วยขึ้นมารองรับ งานเป็นการเฉพาะทั้งสองพื้นที่ แยกจากหน่วยปกติ โดยมีหน่วยงานอำนวยการ กำกับดูแลรับผิดชอบ เพื่อให้การปฏิบัติของทั้งสองหน่วยเป็นไปในแนวทางเดียวกัน จึงจัดตั้งเป็นหน่วยเฉพาะกิจขึ้นตรงกับ กปช.จต. ใช้ชื่อว่า “สำนักงานประสานงานชายแดนด้านกัมพูชา กองบัญชาการป้องกันชายแดนจันทบุรีและตราด” (สน.ปชก.กปช.- จต.) ประกอบด้วย หน่วยประสานงานชายแดนประจำพื้นที่ จันทบุรี (นปพท.จันทบุรี) และหน่วยประสานงานชายแดน ประจำพื้นที่ ตราด (นปพท.ตราด) มีอัตรากำลัง ๑๘ นาย (นายทหารสัญญาบัตร ๑๐ นาย และนายทหารประทวน ๘ นาย) ต่อมา กปช.จต.ลงคำสั่ง กปช.จต. (เฉพาะ) ลับ ที่ ๔๔/๒๕๔๗ เรื่องให้แก้ไขคำสั่ง ฯ เพื่อให้เป็นไปตามคำสั่ง กองบัญชา การทหารสูงสุด (เฉพาะ) ที่ ๑๒๐๒/๔๖ เรื่องการบริหารจัดการหน่วยงานในสายงานความมั่นคงชายแดนไทยกับประเทศ เพื่อนบ้าน ลง ๒๘ พ.ย.๔๖ จากเดิม “สำนักงานประสานงานชายแดนด้านกัมพูชา กองบัญชาการป้องกันชายแดนจันทบุรี และตราด” แก้เป็น “สำนักงานประสานงานชายแดนไทย – กัมพูชา กองบัญชาการป้องกันชายแดนจันทบุรีและตราด” (สน.ปทก.กปช.จต.)
หน่วยประสานงานประจำพื้นที่ ๑ (จว.อุบลราชธานี – จว.ศรีษะเกษ)